U Odjelu za biljno zdravstvo obavljaju se sljedeći poslovi:
- provođenje programa posebnog nadzora (PPN)
- provođenje izvještajno-prognoznih poslova (IPP)
- praćenje zdravstvenog stanja poljoprivrednog reprodukcijskog materijala kod posjednika bilja upisanih u fitosanitarni upisnik
- podučavanje posjednika bilja, pružatelja usluga i drugih sudionika uključenih u poslove zaštite bilja o štetnim organizmima, fitosanitarnim mjerama i načinu obavljanja pojedinih poslova iz područja biljnoga zdravstva
- stručno usavršavanje fitosanitarnih inspektora i djelatnika Savjetodavne službe
- izobrazba profesionalnih korisnika, distributera i savjetnika za stjecanje i obnavljanje znanja iz područja održive uporabe pesticida
