U Zavodu za zaštitu bilja obavljaju se poslovi sukladno odredbama Zakona o biljnom zdravstvu (NN 75/05, 25/09, 55/11), Zakona o održivoj uporabi pesticida (NN 14/14), Zakona o provedbi Uredbe (EZ) 110772009 o stavljanju na tržište sredstva za zaštitu bilja (NN 80/13), Zakona o provedbi Uredbe (EZ) br. 396/2005 o maksimalnim razinama ostataka pesticida u i na hrani i hrani za životinje biljnog i životinjskog podrijetla (NN 80/13) te njihovim pratećim propisima kao i poslovi stručno – znanstvenog istraživanja u području biotehničkih znanosti – zaštita bilja:

• sustavno praćenje zdravstvenog stanja bilja tijekom vegetacije i biljnih proizvoda u skladištu, radi prikupljanja podataka o pojavi, intenzitetu napada, populaciji i proširenosti organizama štetnih za bilje i biljne proizvode te sustavno vođenje evidencije o tome,
• sustavno praćenje i nadzor sjemenskih usjeva, sadnog materijala voćaka, vinove loze i ukrasnog bilja, izdavanje biljnih putovnica, edukacija ovlaštenih posjednika bilja o izdavanju biljnih putovnica, edukacija fitosanitarnih inspektora o štetnim organizmima i tržnih proizvođača o zdravstvenoj zaštiti bilja,
• otkrivanje karantenskih i gospodarskih štetnih organizama, izvještavanje o prisutnosti, pojavi i širenju štetnih organizama, procjena rizika od štetnih organizama, razrađivanje i predlaganje preventivnih mjera i mjera njihovog suzbijanja,
• dijagnosticiranje štetnih organizama u uzorcima bilja, biljnim proizvodima, tlu, vodi i drugim nadziranim predmetima radi određivanja nazočnosti primarno karantenskih štetnih organizama u sklopu programa posebnog nadzora, kao i gospodarski važnih štetnih organizama u okviru izvještajno prognoznih poslova. Također se analiziraju inspekcijski uzorci kao i uzorci koje su dostavile stranke. U odjelu za dijagnostiku ti poslovi se obavljaju u: laboratoriju za bakteriologiju, laboratoriju za herbologiju, laboratoriju za mikologiju, laboratoriju za nematologiju, laboratoriju za virologiju, laboratoriju za zoologiju i laboratoriju za molekularnu biologiju
• sudjelovanje u pripremi i provedbi izvještajno prognoznih poslova (IPP) i programa posebnog nadzora (PPN),
• organiziranje i provedba stručnog osposobljavanja osoba odgovornih za zdravstvenu zaštitu bilja, sudjelovanje u stručnom usavršavanju fitosanitarnih inspektora, izobrazbi profesionalnih korisnika sredstava za zaštitu bilja, distributera i savjetnika iz područja održive uporabe pesticida, educiranje djelatnika Hrvatske poljoprivredno-šumarske savjetodavne službe,
• obavljanje ocjene učinkovitosti, ostataka, ekotoksikoloških svojstava, ponašanja u okolišu, fizikalno kemijskih svojstava i izloženosti primjenitelja sredstava za zaštitu bilja po jedinstvenim načelima,
• analiziranje sredstava za zaštitu bilja u prometu (post-registracijska kontrola) prema godišnjem programu MP i analiziranje sredstava za zaštitu bilja koja su dostavili inspektori ili stranke,
• definiranje i procjenjivanje rizika o maksimalno dopuštenim koncentracijama ostataka sredstava za zaštitu bilja (u suradnji s Hrvatskom agencijom za hranu),
• pružanje znanstvene i stručne potpore nadležnoj upravi Ministarstva poljoprivrede u području biljnog zdravstva, dijagnostike i postupku registracije sredstava za zaštitu bilja.

Zavod je organiziran u 4 Odjela:

• Odjel za biljno zdravstvo
• Odjel za sredstva za zaštitu bilja
• Odjel za dijagnostiku i analitiku
• Odjel za istraživanje i primjenu SIT tehnike