Uredbom Vlade Republike Hrvatske od 15. ožujka 1995., sukladno Zakonu o vinu, osnovan je Zavod za vinogradarstvo i vinarstvo, sa sjedištem u Zagrebu.
Godine 1998. Zavod mijenja naziv u Hrvatski zavod za vinogradarstvo i vinarstvo i pod tim imenom djeluje do 2009. godine kada postaje jedna od ustrojstvenih jedinica Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo, kao Zavod za vinogradarstvo, vinarstvo i voćarstvo. Od 2012. do lipnja 2018. djeluje pod imenom Zavod za vinogradarstvo i vinarstvo, a od lipnja 2018. godine pod imenom Zavod za vinogradarstvo, vinarstvo i uljarstvo.
Jedna od važnijih zadaća Zavoda od njegova osnutka bila je uspostava Upisnika proizvođača grožđa i vina kao temeljne podloge za evidentiranje vinogradarskih površina i legalnog trženja vina koji je uspostavljen 1998. godine kada je uveden i poseban informatički sustav za prikupljanje podataka i vođenje evidencija vezanih uz Upisnik. Zavod je tada započeo i izradu vinogradarskog katastra kojim su obuhvaćeni svi značajni podaci o sim vinogradarskim površinama u RH.
Prva misija Zavoda bila je unaprijediti kakvoću vina s ciljem zaštite potrošača i proizvođača grožđa i vina po ugledu na slične državne institucije u razvijenim vinogradarskim zemljama. Stoga je u sklopu Zavoda, 1998. uspostavljen Laboratorij za kontrolu kakvoće vina i drugih proizvoda od grožđa i vina (danas: Odjel za kontrolu kvalitete proizvoda). Za kontrolu kakvoće vina, laboratorij je uspostavio analitičke metode propisane uredbama Međunarodne organizacije za lozu i vino (OIV) i Europske Komisije. Krajem 2002. godine osposobljenost i kompetentnost laboratorija potvrđena je od Hrvatske akreditacijske agencije (tada: Državni zavod za normizaciju i mjeriteljstvo) prema međunarodnoj normi HRN EN ISO/IEC 17025, čime je postao prvi akreditirani laboratorij za područje ispitivanja kakvoće vina i jakih alkoholnih pića u Republici Hrvatskoj. Laboratorij danas zadovoljava najviše kriterije u analitici grožđa, mošta, vina i voćnih vina, octa, te jakih alkoholnih pića.
Prva organoleptička ispitivanja vina u Zavodu održana su 1997. godine, te je Zavod i na taj način znatno pridonio višoj razini kakvoće hrvatskih vina, uz temeljno načelo provođenja zakonske regulative i poštivanja zahtjeva struke. U 2007. godini Laboratorij za organoleptičko (senzorno) ocjenjivanje (danas: Odjel za praćenje, analizu i razvoj senzornih ispitivanja) u svom radu udovoljio je zahtjevima međunarodne norme HRN EN ISO/IEC 17025. Time se Zavod svrstao među rijetke institucije u Europi koje su akreditirane u području senzornog ispitivanja vina.
Zavod je danas, ozbiljna institucija, i potpora državi u poljoprivrednom sektoru. Opremljen je posebnim specijaliziranim programskim rješenjima za sve aktivnosti koje provodi. Informatički je povezan s Ministarstvom poljoprivrede (MP), Vinarskom inspekcijom (VI) i Agencijom za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju (APPRRR).
Zavod se kroz cijelo vrijeme postojanja prostorno i tehnički opremao, i popunjavao potrebnim kadrovima da bi mogao kvalitetno, i prema kriterijima međunarodnih normi provoditi zakonske odredbe i druge pozitivne propise.
Danas je u Zavodu stalno zaposleno 25 djelatnika: 3 doktora znanosti, 2 magistra znanosti, 14 djelatnika sa visokom stručnom spremom, te 6 djelatnika sa srednjom stručnom spremom.
Poslovanje i procesi Zavoda provode se u okviru implementiranog sustava upravljanja kvalitetom sukladno zahtjevima norme ISO 9001, što osigurava određenu razinu komunikacije s kupcima i dobavljačima na obostranu korist, kontrolu procesa, i kontinuirano unaprijeđivanje poslovanja Zavoda.
