Zavod za voćarstvo osnovan je Uredbom Vlade Republike Hrvatske 14. 11. 2001. g. (NN100/01), a. prava i dužnosti osnivača obavljalo je Ministarstvo poljoprivrede i šumarstva.
Djelatnost Zavoda činili su sljedeći poslovi i zadaci:
- Zasnivanje i održavanje matičnjaka za proizvodnju reprodukcijskog sadnog materijala za rasadničarsku proizvodnju u voćarstvu;
- Zasnivanje i održavanje matičnjaka za proizvodnju bezvirusnih voćnih podloga i plemki;
- Introdukcija novih sorti i podloga voćnih vrsta;
- Provođenje klonske selekcije s ciljem izdvajanja genotipova pojedinih voćnih vrsta;
- Zasnivanje referentnih kolekcija sorti i podloga voćnih vrsta;
- Vođenje upisnika nasada voćnjaka;
- Projektiranje, podizanje i održavanje pokusnih voćnjaka s ciljem istraživanja najperspektivnijih uzgojnih oblika, gnojidbe, zaštite, sustava održavanja tla i pomotehnike;
- Vođenje statističke analize i objedinjavanje svih rezultata istraživanja u voćarstvu;
- Izrada prijedloga Plana regionalizacije proizvodnje voća u Hrvatskoj;
- Obavljanje drugih poslova i zadataka utvrđenih statutom Zavoda sukladno zakonu.
Sredinom 2003. godine Ministarstvo je odobrilo Zavodu za voćarstvo pokretanje kapitalnog projekta pod nazivom: ”Osnivanje matičnih nasada i formiranje introdukcijskog i selekcijskog centra” (KP568052) koji se provodio sve do 2012. g. U cilju ostvarenja djelatnosti koje je Ministarstvo utvrdilo osnivačkim aktima, Zavod je krenuo s uređenjem 3 pokušališta: Donja Zelina, Kaštela i Opuzen.
Osim istraživačke djelatnosti , Zavod je sudjelovao u aktivnostima uspostave katastra maslinika i citrusa, a djelatnici Zavoda su aktivno sudjelovali i u Radnim skupinama u procesu pridruživanja Hrvatske Europskoj Uniji.
Od početka aktivnog djelovanja Zavod za voćarstvo je provodio aktivnosti vezane za ostvarivanje suradnje sa stranim institucijama iz područja voćarstva, čije su djelatnosti iste ili slične onima Zavoda, te oplemenjivačkim tvrtkama, s ciljem:
- introdukcije stranih, interesantnih sorti s kojima hrvatsko tržište još nije upoznato, a dobro su prihvaćene na tržištu u Europi, te
- suradnje u razmjeni iskustava vezano za tehnologije proizvodnje u voćarstvu.
U periodu od 2005. do 2009. godine Zavod je uspostavio suradnju sa slijedećim institucijama i oplemenjivačkim kućama: RESEARCH AND BREEDING INSTITUTE OF POMOLOGY, Holovousy, Republika Češka, ARTUS GROUP, Marketinggesellschaft für Obstneuheiten mbH, Njemačka, SNC ELARIS Davodeau Ligonniere, Angers, Francuska, BETTER3FRUIT NV, Haverlee, Belgija, FRESH FORWARD Marketing BV, Wageningen, Nizozemska i CONSORZIO ITALIANO VIVAISTI C.I.V., San Giuseppe di Comacchio, Italija.
Zavod je također i aktivno surađivao s istraživačkim institucijama vezano za razmjenu iskustva u istraživanju i pomotehnologiji na projektu Alpe Adria – Radna grupa za pomokulturu, u sklopu kojeg je rađen pokus s podlogama (4 podloge) i gustoćom sadnje sorte trešnje Regina (3 razmaka sadnje) te pokus s dva uzgojna oblika (Bibaum® i vreteno) na jabuci (sorta Golden Delicious).
U smislu osnivanja kolekcijskih nasada s krajnjim ciljem selekcije novih sorti voćnih vrsta, Zavod provodi projekt ”Pomološko-tehnološko vrednovanje i genetička identifikacija autohtonih genotipova šljive”.
Početkom 2008. godine na pokušalištu u Donjoj Zelini zasađen je matični nasad jabuke, šljive, višnje i lijeske na ukupnoj površini od 1,0 ha.
Od srpnja 2009. godine Zavod nastavlja djelovanje u sklopu Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo kao Odjel za voćarstvo unutar Zavoda za vinogradarstvo, vinarstvo i voćarstvo. Odjel je nastavio suradnju s oplemenjivačkim tvrtkama i istraživačko-znanstvenim institucijama na introdukciji novih sorti voćnih vrsta te aktivno radio i na uvođenju novih voćnih vrsta u sortne pokuse.
Osim toga, Odjel je radi mogućeg uvođenja u proizvodnju provodio istraživanja novih tehnologija kao što su korištenje novih, ne-destruktivnih metoda u određivanju optimalnog roka berbe plodova voća, utjecaj različitih uzgojnih oblika na prinos i kvalitetu plodova, utjecaj protugradnih mreža i folija na obojenost plodova.
U srpnju 2012. godine Odjel za voćarstvo se izdvojio iz Zavoda za vinarstvo, vinogradarstvo i voćarstvo te započeo s radom kao Zavod za voćarstvo.
