Temeljem Zakona o sjemenu, sadnom materijalu i priznavanju sorti poljoprivrednog bilja (NN 131/97) Zavod za sjemenarstvo i rasadničarstvo u Osijeku imenovan je službenim ovlaštenim tijelom za poslove u području sjemenarstva, rasadničarstva i priznavanja sorti poljoprivrednog bilja. Uredbu o osnivanju Zavoda donijela je Vlada Republike Hrvatske 26. ožujka 1998. godine, a za provođenje prava i dužnosti osnivača Vlada je zadužila Ministarstvo poljoprivrede i šumarstva. Tijekom 1998. godine obavljeni su administrativni poslovi vezani uz pravnu registraciju, te Zavod 1. siječnja 1999. počinje s radom brojeći 18 djelatnika.
U početnom razdoblju aktivnosti Zavoda bile su usmjerene na izgradnju i uređenje prostora za rad, opremanje, ljudske resurse, te usklađivanje i prilagođavanje poslova zahtjevima međunarodnih institucija i međunarodnim pravilima. Stručne savjete, pomoć i obuku u uspostavljanju radnih procesa Zavodu su pružili stručnjaci NAK-a (Nizozemska), NIAB-a (Engleska), GEVES-a (Francuska), BFL-a (Austrija) i OMMI-a (Mađarska).
Zavod od svog osnivanja uspostavlja suradnju i postaje punopravni član međunarodnih organizacija uključenih u proces certificiranja biljnog reprodukcijskog materijala kao što su:
Organizacija za ekonomsku suradnju i razvoj (OECD), Međunarodna unija za zaštitu novih biljnih sorti (UPOV), Europski ured za zaštitu novih biljnih sorti (CPVO), Međunarodna organizacija za ispitivanje kvalitete sjemena (ISTA) i Europska mreža GMO laboratorija (ENGL). Zavod je također sudjelovao u radu relevantnih organizacija i programa kao što su SEEDNet, ECPGR, AEGIS, EURISCO, FAO.
Certificiranje poljoprivrednog reprodukcijskog materijala namijenjenog tržištu Zavod provodi kroz postupak nadzora proizvodnje, dorade, pakiranja, plombiranja, označavanja i post-kontrole, a Zavod je ujedno i službeno ovlašteno tijelo za certificiranje sjemena namijenjenog međunarodnom tržištu.
Odjel za biljne sorte prve je vidljive rezultate uspješne suradnje imao u bilateralnim ugovorima za DUS ispitivanje koji su potpisani 2002. s Mađarskom (OMMI) i Slovenijom (NO), te 2003. s Njemačkom (Bundessortenamt). U svom daljnjem razvoju rad Odjela je prepoznat i dodjeljivanjem ekvivalence za DUS ispitivanje od strane Vijeća EZ 2006. godine (Council Decision 2006/545/EC), koja je bila prva odluka takve vrste koju su zemlje članice EU dale jednoj instituciji izvan EU.
Za poslove očuvanja biljnih genetskih izvora Zavod za sjemenarstvo i rasadničarstvo je zadužen od 2003. godine. Od tada do danas Zavod je potpuno opremljen za dugoročno čuvanje sjemena, te je formirana kolekcija koja je uključena u Nacionalnu banku biljnih gena.
Zavod je aktivno djelovao na izgradnji sustava očuvanja biljnih genetskih izvora na teritoriju čitave Republike Hrvatske kroz Povjerenstvo za biljne genetske izvore.
Od 31. srpnja 2002. Laboratorij za ispitivanje sjemena jedini je laboratorij u Republici Hrvatskoj ovlašten za izdavanje ISTA certifikata o ispitivanju sjemena za potrebe međunarodnog prometa sjemena. U sklopu Laboratorija za ispitivanje sjemena izgrađeni su infrastrukturni kapaciteti Odsjeka za biotehnološke analize, kao nadopuna postojećem laboratoriju. Laboratorij je od 12.03.2010. godine ovlašten od strane Ministarstva zdravstva i socijalne skrbi za ispitivanje, kontrolu i praćenje GMO-a i proizvoda koji sadrže i/ili se sastoje ili potječu od GMO-a u sjemenskom materijalu, biljnom reprodukcijskom materijalu, sadnom materijalu šumskih svojti i križanaca za upotrebu u šumarstvu. Od 2011. godine Laboratorij je upisan u Upisnik zatvorenih sustava za ograničenu uporabu GMO-a pri Ministarstvu znanosti, obrazovanja i sporta, a od studenog 2012. godine akreditiran je od strane Hrvatske akreditacijske agencije prema normi HRN EN ISO/IEC 17025. Dobivanjem akreditacije ovlašten je i za ispitivanje, kontrolu i praćenje GMO-a i proizvoda koji sadrže i/ili se sastoje ili potječu od GMO-a i u hrani i hrani za životinje rješenjem Ministarstva zdravlja od 12.03.2013.
Od 1. prosinca 2010. godine, temeljem čl. 2 Zakona o izmjenama i dopunama Zakona o osnivanju Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo i Odluke o pripajanju koju je donijelo Ministarstvo poljoprivrede, ribarstva i ruralnog razvoja, Zavod djeluje kao jedna od ustrojstvenih jedinica Centra. Danas Zavod broji 40-ak djelatnika od kojih je 25 djelatnika visoke stručne spreme. U cilju kvalitetne provedbe zakonskih odredbi i drugih pozitivnih propisa Zavod je puno pozornosti pridavao izobrazbi i usavršavanju svojih djelatnika kako u Hrvatskoj tako i u inozemstvu, kad god je to bilo moguće.
Zavod je u svibnju 2014. godine dobio potvrdu QS Zürich AG o zadovoljavanju zahtjeva u skladu s normom ISO 9001: 2008 u sustavu upravljanja. Opseg primjene sustava su poslovi iz područja sjemenarstva, rasadničarstva i priznavanja sorti poljoprivrednog bilja, zaštite novih biljnih sorti i očuvanja biljnih genetskih izvora poljoprivrednog bilja.
Danas je Zavod neizostavna potpora državi i poljoprivrednom sektoru u području svog djelovanja kroz sudjelovanja u izradi i izmjenama zakonskih propisa, ali i izobrazbi stručnjaka i korisnika naših usluga.
Na sastanku Administrativnog vijeća Ureda Zajednice za zaštitu biljnih sorti (AC CPVO) održanog 04.10.2017. u Bruxellesu, donesena je odluka o dodjeljivanju “Entrustmenta” HCPHS – Zavodu za sjemenarstvo i rasadničarstvo za DUS tehničko ispitivanje pšenice i ječma, a koji predstavlja ovlaštenje koje se dodjeljuje određenom Uredu za ispitivanje sorti, pri čemu se prihvaća njegova nadležnost i potvrđuje kvaliteta rada, stručnost, opremljenost i kompetetivnost na europskoj razini za obavljanje poslova vezanih uz ispitivanje sorti u svrhu dodjeljivanja oplemenjivačkog prava pod okriljem CPVO-a.
