Temeljem Zakona o osnivanju Hrvatskog centra za poljoprivredu, hranu i selo (NN 25/09) Centar je započeo s radom 1. srpnja 2009. Osnivač Centra je Republika Hrvatska, a prava i dužnosti osnivača obavlja Ministarstvo poljoprivrede. Centrom upravlja Upravno vijeće koje čine predsjednik i četiri člana. Centar zastupa i predstavlja ravnatelj Centra.
Nakon tri provedene reorganizacije danas u sklopu Centra posluju Zavod za zaštitu bilja, Zavod za vinogradarstvo i vinarstvo, Zavod za sjemenarstvo i rasadničarstvo i Zavod za voćarstvo.
Takvim objedinjavanjem postojećih institucija u jednu osnažuje se inicijalna kadrovska, sadržajna i infrastrukturna osnova rada Centra, postižu racionalizacije u smislu objedinjavanja i reduciranja fiksnih troškova neophodnih za funkcioniranje svake institucije pojedinačno, povećava se efikasnost u radu priključenih zavoda te se zavodi koji su locirani regionalno ujedinjuju u zajedničkom stvaranju podloga za kreiranje poljoprivredne politike i politike ruralnog razvoja. Upravo objedinjavanjem laboratorijskih, ljudskih i ostalih resursa omogućit će se krajnjim korisnicima, proizvođačima najbolja moguća razina usluge.
Vrijednosno najznačajniji prihodi Centra su vlastiti i namjenski prihodi koji čine 51,84% ukupno ostvarenih prihoda. Drugi po značaju su prihodi državnog proračuna 47,91 %, dok ostali prihodi i primici od pomoći i inozemnih darovnica čine 0,25 % ukupnih prihoda.
Djelatnost Centra odvija se sukladno:
- Zakonu o osnivanju HCPHS-a (NN 25/09 i NN 124/10)
- Statutu Centra
- Zakonu o biljnom zdravstvu (NN 75/05, 25/09, 55/11)
- Zakon od održivoj uporabi pesticida (NN 14/14)
- Zakon o provedbi Uredbe (EZ) br. 1107/2009 o stavljanju na tržište sredstava za zaštitu bilja (NN 80/13)
- Zakonu o sjemenu, sadnom materijalu i priznavanju sorti poljoprivrednog bilja (NN 140/05, 35/08, 25/09, 124/10, 55/11 i 14/14)
- Zakon o zaštiti biljnih sorti (NN 131/97, 62/00, 67/08, 124/11)
- Zakonu o vinu (NN 96/03, 25/09, 22/11, 55/11, 82/13 i 14/14) i Zakonu o zaštiti sorti poljoprivrednog bilja (NN 131/97, 62/00 i 67/08)
- Zakon o uređenju tržišta poljoprivrednih proizvoda (NN 149/09, 22/11, 120/12)
- Zakon o zajedničkoj organizaciji tržišta poljoprivrednih proizvoda i posebnim mjerama i pravilima vezanim za tržište poljoprivrednih proizvoda (NN 82/13, 14/14, 30/15).
