Centrom upravlja Upravno vijeće koje čine predsjednik i četiri člana. Centar zastupa i predstavlja ravnatelj Centra. Centar danas ima 6 ustrojstvenih jedinica kroz koje obavlja svoje djelatnosti: Ured ravnatelja, Zavod za zaštitu bilja, Zavod za vinogradarstvo, vinarstvo i uljarstvo, Zavod za sjemenarstvo i rasadničarstvo, Zavod za voćarstvo i povrćarstvo i Zavod za tlo.