Osnovna zadaća Zavoda za zaštitu bilja je zaštita poljoprivrednih kultura od štetnih organizama koja se realizira kroz sljedeće djelatnosti:
Zavod za vinogradarstvo, vinarstvo i uljarstvo
Osnovna zadaća Zavoda za vinogradarstvo, vinarstvo i uljarstvo je ispitivanje kakvoće grožđa, mošta, vina, proizvoda od grožđa i vina, voćnih vina te vinskog octa, koja se realizira kroz sljedeće djelatnosti:
Zavod za sjemenarstvo i rasadničarstvo
Osnovna zadaća Zavoda za sjemenarstvo i rasadničarstvo je osiguranje kvalitetnog reprodukcijskog materijala, koja se realizira kroz sljedeće djelatnosti:
Zavod za voćarstvo i povrćarstvo
Osnovna zadaća Zavoda za voćarstvo i povrćarstvo je unaprjeđenje voćarstva u Republici Hrvatskoj, koja se realizira kroz sljedeće djelatnosti:
Osnovna zadaća Zavoda za tlo je zaštita tla i poljoprivrednog zemljišta, koja se realizira kroz slijedeće djelatnosti: